Блин. Когда в папке меньше 100 файлов и среди них есть customization.xml, то он просто пропускается(Not found XML-header in file).
Когда файлов больше 100 и среди них есть customization.xml, то вообще все файлы пропускаются(Files unpacked/found - 0/864).
Сделай так(с помощью чекбокса), чтобы независимо от количества файлов, не запакованные файлы просто копировались, а остальные распаковывались.
P.S. Еще бы хорошо отделить настройки терминала, от Редактора текста и добавить настройку для фона текста и цвета текста..